1959年6月3日,新加坡自治邦成立,而人民行动党也在自治邦政府的首次选举中成为立法议院第一大党,由李光耀出任自治邦政府总理。
1963年9月,新加坡同马来亚、沙捞越和沙巴组成马来西亚联邦,李光耀继续任新加坡总理。1965年8月,新加坡退出马来西亚联邦,成立共和国,李光耀担任共和国总理。
1990年11月,李光耀卸任总理一职,于次年任新加坡总理公署高级部长;1997年任内阁资政,2001年11月连任。